Cariotip postnatal molecular – array CGH

Cariotip molecular postnatal (array CGH)

Ce este cariotipul molecular

Cariotipul molecular (microarray cromozomial, array CGH) caută în tot genomul delețiile și duplicațiile de material genetic, numite variații ale numărului de copii (CNV). Multe dintre ele sunt prea mici pentru a fi văzute la microscop, la cariotipul clasic.

Cum se face:

• ADN-ul pacientului este comparat cu un ADN de referință, pe o lamă (cip) care conține zeci sau sute de mii de sonde distribuite pe toți cromozomii;
• acolo unde pacientul are mai puțin material genetic (deleție) sau mai mult (duplicație), semnalul se modifică față de referință;
• testul lucrează direct pe ADN, deci nu are nevoie de cultură celulară.

Diferența față de cariotipul clasic:

• cariotipul clasic vede de obicei doar modificările mai mari de 5–10 milioane de perechi de baze (Mb);
• microarray-ul detectează modificări mult mai mici, de ordinul zecilor sau sutelor de mii de perechi de baze (kb), în funcție de platformă.

Platformele cu sonde SNP (cum este testul de tip „array CGH + SNP”) pot detecta, pe lângă deleții și duplicații:

• regiunile fără heterozigozitate, care pot indica o disomie uniparentală (ambele copii ale unui cromozom de la același părinte, prin izodisomie) sau consangvinitatea părinților;
• poliploidiile, de exemplu triploidia.

Testul de primă intenție. Ghidurile internaționale recomandă microarray-ul ca test genetic de primă intenție, în locul cariotipului clasic, la persoanele cu:

• întârziere de dezvoltare sau dizabilitate intelectuală;
• tulburare de spectru autist;
• malformații congenitale multiple.

Cauza se găsește la 15–20% dintre acești pacienți, față de aproximativ 3% prin cariotipul clasic (fără sindromul Down și alte sindroame ușor de recunoscut).

Indicații

• Malformații congenitale multiple sau trăsături dismorfice care nu se încadrează într-un sindrom genetic cunoscut.
• Nou-născuți cu malformații multiple, inclusiv atunci când cariotipul clasic nu poate fi obținut.
• Întârziere de dezvoltare psihomotorie.
• Dizabilitate intelectuală fără cauză cunoscută.
• Tulburări de spectru autist.
• Suspiciunea unui sindrom de microdeleție sau microduplicație, de exemplu deleția 22q11.2 (DiGeorge) sau sindromul Williams.
• Precizarea unei anomalii găsite la cariotipul clasic: un cromozom marker sau o rearanjare aparent echilibrată la o persoană cu simptome.
• Suspiciunea de disomie uniparentală sau a unei boli de amprentare (de exemplu, Prader-Willi, Angelman), cu precizarea că platforma SNP detectează doar izodisomia.

Testul se face la recomandarea medicului genetician, cu consiliere genetică și consimțământ informat înainte de test.

Pregătirea pacientului

Nu este necesară o pregătire specială.

Recoltare

Metodă

Microarray cromozomial (array CGH cu sonde SNP, platformă de 750.000 de sonde). ADN-ul pacientului este comparat cu un ADN de referință.

Valori de referință

Nu au fost identificate variații ale numărului de copii (CNV) patogene sau probabil patogene.

Interpretarea rezultatelor

Cum se raportează rezultatul

Rezultatul se scrie după nomenclatura internațională ISCN. Pentru fiecare modificare se precizează:

• tipul (deleție sau duplicație);
• cromozomul și regiunea;
• coordonatele exacte și mărimea.

Fiecare modificare se clasifică în cinci categorii:

• patogenă;
• probabil patogenă;
• cu semnificație incertă (VUS);
• probabil benignă;
• benignă.

Pentru clasificare se folosesc bazele de date internaționale (de exemplu, OMIM, DECIPHER, DGV) și genele cuprinse în regiunea modificată. Interpretarea finală o face medicul genetician, în funcție de simptomele pacientului.

Ce înseamnă rezultatul

CNV patogen sau probabil patogen. Explică, total sau parțial, simptomele pacientului. Ce urmează:

• confirmarea, la nevoie, prin altă metodă: FISH, cariotip clasic sau qPCR/MLPA;
• testarea părinților, care arată dacă modificarea a apărut nou (de novo) sau este moștenită. Când un CNV dezechilibrat provine dintr-o rearanjare echilibrată a unui părinte, se face cariotipul clasic al părinților. Rezultatul contează pentru riscul în sarcinile următoare.

CNV cu semnificație incertă (VUS). Datele actuale nu permit încadrarea lui. Testarea părinților poate ajuta, iar varianta poate fi reclasificată în timp. Nu se folosește pentru decizii clinice.

Descoperiri incidentale. Testul poate identifica uneori modificări fără legătură cu motivul testării, de exemplu predispoziții pentru boli care apar la vârsta adultă. Din acest motiv, consilierea genetică dinaintea testului este importantă.

Rezultat normal. Nu exclude o cauză genetică. Microarray-ul nu detectează toate tipurile de anomalii (vezi Limite și interferențe). În funcție de simptome, medicul genetician poate recomanda alte teste: un panel de gene, secvențierea exomului sau un test specific.

Limite și interferențe

Testul nu detectează:

• rearanjările echilibrate (translocații, inversii, inserții echilibrate), pentru care este necesar cariotipul clasic;
• variantele punctiforme (modificări ale unei singure baze) și delețiile foarte mici dintr-o genă;
• mozaicismul de grad mic, de obicei sub aproximativ 20% celule anormale;
• heterodisomia uniparentală (platforma SNP detectează doar izodisomia);
• modificările din regiunile neacoperite de sonde.

Testul nu arată nici poziția materialului duplicat, adică structura exactă a rearanjării. Pentru aceasta este necesar cariotipul clasic sau FISH.

Variantele cu semnificație incertă pot fi greu de interpretat și pot necesita testarea părinților.

Calitatea probei contează. Probele vechi, coagulate, hemolizate sau contaminate ori recoltate pe alt anticoagulant pot compromite extracția ADN-ului.

Bibliografie:

1. Miller DT, Adam MP, Aradhya S, et al. Consensus statement: chromosomal microarray is a first-tier clinical diagnostic test for individuals with developmental disabilities or congenital anomalies. Am J Hum Genet.2010;86(5):749–764. doi:10.1016/j.ajhg.2010.04.006
2. Riggs ER, Andersen EF, Cherry AM, et al. Technical standards for the interpretation and reporting of constitutional copy-number variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) and the Clinical Genome Resource (ClinGen). Genet Med. 2020;22(2):245–257.
3. van Campen J. Karyotype. GeNotes, NHS England Genomics Education Programme. Revizuit 10 februarie 2025.
4. UPMC Genetics Laboratory. Postnatal Microarray Testing.