Biopsie lichidă NeoThetis Pan-Cancer Plus – ADN tumoral circulant, 222 gene

Ce este NeoThetis Pan-Cancer Plus

NeoThetis Pan-Cancer Plus este un test de profilare moleculară a tumorilor solide, făcut dintr-o probă de sânge periferic (biopsie lichidă). Testul analizează ADN-ul tumoral circulant (ctDNA). Acesta este partea din ADN-ul liber din plasmă (cfDNA) pe care celulele tumorale o eliberează în sânge.

Biopsia tisulară analizează o singură zonă a tumorii. Analiza ctDNA poate surprinde modificări genetice provenite atât din tumora primară, cât și din metastaze, deci oferă o imagine mai completă a heterogenității tumorale.

Analiza se face prin secvențiere de nouă generație (NGS). Metoda are sensibilitate mare și poate detecta variante genetice prezente în concentrații foarte mici în plasmă. Panelul cuprinde 222 de gene cu relevanță clinică în tumorile solide, conform ghidurilor NCCN și ESMO. Pe lângă mutații, testul evaluează:

• instabilitatea microsateliților (MSI);
• încărcătura mutațională tumorală măsurată din sânge (bTMB).

Aceste două rezultate ajută la estimarea probabilității de răspuns la imunoterapie.

Rezultatele ajută la alegerea terapiilor țintite aprobate de FDA sau EMA, la identificarea mecanismelor de rezistență la tratament și la stabilirea eligibilității pentru studii clinice. Pentru că se face dintr-o probă de sânge, testul poate fi repetat periodic.

Indicații

• Tumori solide avansate sau metastatice, când este nevoie de caracterizare moleculară extinsă pentru alegerea tratamentului.
• Tumori greu accesibile sau inoperabile, pacienți la care biopsia tisulară nu se poate face sau repeta, sau cazuri în care țesutul rămas nu ajunge pentru testare genetică.
• Pacienți care nu mai răspund la tratamentul oncologic și au nevoie de o reevaluare a profilului molecular.
• Monitorizarea răspunsului la tratament și identificarea mecanismelor de rezistență la terapie.
• Evaluarea evoluției bolii și depistarea precoce a progresiei sau a recidivei.
• Stabilirea eligibilității pentru studii clinice.

Recoltare

Important: probele nu se refrigerează și nu se congelează. Se păstrează și se transportă doar la temperatura camerei.

Dacă intervalele față de chimioterapie sau transfuzie nu pot fi respectate, în consimțământul informat se trec data ultimei ședințe de chimioterapie și data ultimei transfuzii.

Se recomandă să fie transmise și următoarele informații clinice:

• diagnosticul primar și stadiul bolii;
• tratamentul actual;
• statusul actual al bolii;
• terapiile administrate anterior;
• rezultatele investigațiilor moleculare sau anatomopatologice anterioare, dacă există.

Metodă

Secvențiere de nouă generație (NGS) a ADN-ului liber circulant din plasmă. Se secvențiază toți exonii codificatori și regiunile intronice conservate ale celor 222 de gene din panel.

Testul detectează:

• variante de un singur nucleotid (SNV);
• inserții și deleții mai mici de 50 de perechi de baze (indel);
• variații ale numărului de copii (CNV/CNA), de la minimum un exon;
• rearanjamente genice;
• instabilitatea microsateliților (MSI) și încărcătura mutațională tumorală din sânge (bTMB).

Testul este efectuat de laboratorul Medicover Genetics.

Gene analizate (222): ABL1, ABL2, AKT1, AKT2, ALK, ANKRD26, APC, AR, ARAF, ASXL1, ATM, ATRX, B2M, BAP1, BARD1, BCL2, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CALR, CBFB, CBL, CBLB, CBLC, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD274, CD74, CDC25C, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDKN2A, CEBPA, CHEK2, CIC, CSF1R, CSF3R, CTLA4, CTNNB1, CUX1, CXCR4, DCK, DDR2, DDX41, DEK, DHX15, DICER1, DNMT3A, DUSP22, EGFR, EIF1AX, EPCAM, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC4, ERG, ESR1, ETNK1, ETV1, ETV4, ETV6, EWSR1, EZH2, FANCA, FBXW7, FGF13, FGF19, FGF2, FGF3, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FRS2, FUBP1, GATA1, GATA2, GATA3, GNA11, GNAQ, GNAS, H3F3A, HDAC2, HOXB13, HRAS, IDH1, IDH2, IKZF1, IL3, INHA, INSRR, IRF4, JAK1, JAK2, JAK3, KDM6A, KDR, KEAP1, KIT, KMT2A, KMT2C, KMT2D, KRAS, LUC7L2, MALT1, MAP2K1, MAP2K2, MAP3K1, MDM2, MECOM, MET, MITF, MLH1, MLLT3, MPL, MRE11, MSH2, MSH6, MTOR, MUTYH, MYC, MYCN, MYD88, MYH11, MYOD1, NBN, NCOA3, NF1, NF2, NFE2L2, NOTCH1, NPM1, NRAS, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP214, NUTM1, PALB2, PARP1, PBX1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PGR, PHF6, PIK3CA, PIK3CB, PIK3R1, PML, PMS2, POLD1, POLE, PPM1D, PPP2R1A, PTCH1, PTEN, PTPN11, RAD21, RAD51C, RAD51D, RAF1, RARA, RB1, RBBP6, RET, RNF43, ROS1, RPS14, RUNX1, RUNX1T1, SETBP1, SF3B1, SH2B3, SLC29A1, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMC1A, SMC3, SMO, SOX10, SPOP, SRSF2, STAG2, STAT3, STAT5B, STK11, SUZ12, TCF3, TCL1A, TERT, TET2, TMPRSS2, TP53, TSC1, TSC2, U2AF1, VEGFA, VHL, WT1, XPO1, ZRSR2.

Interpretarea rezultatelor

Variantele detectate se clasifică după recomandările AMP/ASCO/CAP (Li et al., 2017; Froyen et al., 2019). Se raportează:

• variantele cu semnificație clinică puternică (nivelul I);
• variantele cu semnificație clinică potențială (nivelul II);
• variantele cu semnificație necunoscută (nivelul III).

Variantele benigne sau probabil benigne (nivelul IV) nu se raportează.

Raportul cuprinde interpretarea clinică a variantelor, cu trimitere la ghidurile internaționale, inclusiv NCCN. Poate arăta:

• terapiile țintite sau imunoterapiile care ar putea fi eficiente;
• terapiile la care răspunsul este puțin probabil sau față de care tumora a dezvoltat rezistență;
• posibilitatea includerii în studii clinice.

Pentru interpretarea rezultatului în contextul clinic se recomandă consult genetic și oncologic.

Limite și interferențe

• Se analizează doar genele incluse în panel.
• Nu se pot evalua variantele structurale echilibrate (translocații, inversii) și nici inserțiile sau delețiile mai mari de 50 de perechi de baze.
• Sensibilitatea depinde de fracția de ADN tumoral din sânge. O fracție foarte mică poate împiedica detectarea unor variante.
• Un rezultat negativ nu exclude cu certitudine prezența unor variante pe care metoda nu le poate identifica.
• Chimioterapia recentă și transfuziile pot scădea fracția de ADN tumoral din probă, de aceea trebuie respectate intervalele de la „Condiții de recoltare”.